O Santo Padre, depois de um processo de diálogo entre a Sé Apostólica e a Fraternidade sacerdotal São Pio X, representada pelo seu Superior-Geral, Sua Excelência D. Bernard Fellay, acolheu o pedido formulado novamente por este Prelado, com uma carta de 15 de dezembro de 2008, também em nome dos outros três Bispos da Fraternidade, Sua Excelência D. Bernard Tissier de Mallerais, Sua Excelência D. Richard Williamson e Sua Excelência D. Alfonso de Galarreta, de remover a excomunhão em que tinham incorrido há vinte anos.

Com efeito, por causa das consagrações episcopais celebradas no dia 30 de junho de 1988, por Sua Excelência D. Marcel Lefebvre sem mandato pontifício, os mencionados quatro Prelados tinham incorrido na excomunhão latae sententiae, formalmente declarada pela Congregação para os Bispos no dia 1º  de julho de 1988.

Na citada carta, Sua Excelência D. Bernard Fellay manifestava claramente ao Santo Padre que: «Estamos sempre firmemente determinados na vontade de permanecer católicos e de pôr as nossas forças ao serviço da Igreja de nosso Senhor Jesus Cristo, que é a Igreja Católica Romana. Nós aceitamos os seus ensinamentos com espírito filial. Nós acreditamos firmemente no Primado de Pedro e nas suas prerrogativas, e é por isso que a situação atual nos faz sofrer tanto».

Sua Santidade Bento XVI, que acompanhou este processo desde o início, procurou sempre restabelecer a ruptura com a Fraternidade, encontrando-se também pessoalmente com Sua Excelência D. Bernard Fellay, no dia 29 de Agosto de 2005. Nessa ocasião, o Sumo Pontífice manifestou a vontade de proceder por etapas e em tempos razoáveis neste caminho e agora, benignamente, com solicitude pastoral e misericórdia paterna, mediante o Decreto da Congregação para os Bispos de 21 de janeiro de 2009, remove a excomunhão que pesava sobre os mencionados Prelados. Nesta decisão, o Santo Padre foi inspirado pelos votos a fim de que se chegue quanto antes à completa reconciliação e à plena comunhão.