Os Jesuítas, no século XVIII haviam sido um dos principais sustentáculos da Igreja na restauração e preservação da fé frente ao Protestantismo, o Galicanismo, o Jansenismo e à credulidade racionalista. Em 1749  a Companhia de Jesus tinha 39 Províncias, 669 colégios jesuítas e um grande número de pequenos institutos nos quais serviam  22.600 religiosos. Essa preeminência era perigosa para os jesuítas. Numa palavra: o zelo dos jesuítas granjeou-lhes muitos adversários de fora da Igreja e, infelizmente, de dentro dela também. Esses adversários o eram ora por motivos arbitrários, ora com certos fundamentos. Eram acusados de moral relaxada, pelagianismo, intromissão na política, cobiça de domínio temporal, orgulho, etc... Toda essa onda de ódio se tornou fatal para a Companhia de Jesus quando ela conseguiu penetrar nas cortes européias do século XVIII.

A tempestade explodiu em Portugal: O Primeiro-Ministro Sebastião José de Carvalho, Marquês de Pombal, era um livre pensador ambicioso. Combatia o clero como um inimigo do absolutismo. Sua perseguição visava particularmente à Companhia de Jesus, à qual atribuía a culpa dos males que afetavam Portugal. Foi então que sobreveio o caso do Paraguai: Em 1750  a Espanha cedeu a Portugal, em troca da colônia de San Sacramento, sete distritos do Paraguai onde Pombal esperava encontrar minas de ouro. Os 30 mil índios que habitavam esses distritos eram suspeitos de amizade com os jesuítas que eram missionários na região. Por isso, Pombal deu ordem para que se retirassem do lugar. Os índios porém resistiram e recusaram-se a abandonar suas terras. Como conseqüência, Pombal acusou os jesuítas de fomentar a  revolta dos índios paraguaios e de tentarem criar um Estado Jesuíta no Paraguai. Os jesuítas foram transportados para Portugal e encarcerados. A pedido do governo português, o Papa Bento XIV nomeou o Cardeal Saldanha, parente de Pombal, como Visitador  da Companhia de Jesus em Portugal. O Cardeal Saldanha fez com que os jesuítas fossem suspensos da pregação e do confessionário por causa de "ilícitos negócios financeiros", no ano de 1758. Pouco depois o rei de Portugal, D. José, foi ferido num atentado contra a sua carruagem e a culpa do crime foi atribuída aos jesuítas. Era o que Pombal esperava. Determinou que os bens da companhia fossem confiscados e em seguida decretou a supressão da Companhia de Jesus em todo o reino de Portugal e também nas colônias, em 1759. Muitos jesuítas foram encarcerados, outros foram atirados, sem recursos no litoral do Estado Pontifício, enquanto o Padre Malagrida, um ancião de 72 anos de idade, foi queimado vivo em 1761, acusado de traição e heresia. Em vão o novo Pontífice,  Clemente XIII, elevou a voz em defesa dos perseguidos. Ao contrário, sua intervenção só serviu para que se rompesse por dez anos as relações entre a Santa Sé e Portugal.

A perseguição aos jesuítas que começara em Portugal se espalhou por outras nações como a França, a Espanha, os reinos de Nápoles e da Sicília. A pressão se tornou tal que  pediram ao Papa Clemente XIII a extinção total da Companhia de Jesus. O sucessor deste, Clemente XIV (1769-1774)   era um homem bom, de  caráter débil e por isso mesmo muito condescendente. Não era, portanto, o pontífice indicado para enfrentar esses tempos difíceis. Fez várias concessões às cortes européias, numa tentativa de salvar os jesuítas. Isso, porém só fez aguçar as pressões, que chegavam a ameaçar de cisma a Igreja. Transtornado com os pedidos e ameaças dos monarcas europeus o papa não teve outra alternativa senão decretar, finalmente, a supressão da Companhia de Jesus através do Breve "Dominus ac Redemptor", de 21 de julho de 1773.

O papa, ao decretar o Breve de extinção da Companhia de Jesus, alegava que ela, caluniada como era, já não podia dar os frutos almejados, mas ao contrário, se tornara causa de constantes cisões e rixas entre os povos. O Superior Geral da Companhia de Jesus, Padre Lourenço Ricci, recolheu-se ao castelo de Santo Ângelo onde morreu de velhice. Aos jesuítas foi-lhes facultado passar para outras ordens religiosas.

Enquanto os governos católicos da Europa se regozijavam com extinção da Companhia de Jesus, os jesuítas sofriam com o fim de sua ordem. Somente dois países da Europa se opuseram às determinações da bula de supressão e não a acataram: a Prússia protestante do Rei Frederico II e a Rússia ortodoxa, governada na época pela Czarina Catarina II. Esses dois monarcas proibiram a publicação do Breve Pontifício em seus reinos e desta maneira a Companhia de Jesus continuou a subsistir legalmente nesses países com perfeito conhecimento do papa.

Muitos foram os historiadores que criticaram o Papa Clemente XIV por causa da supressão da Companhia de Jesus. No entanto, todos reconhecem o espirito piedoso e a conduta irrepreensível em sua vida particular. Após assinar o Breve de Supressão caiu desmaiado após exclamar: "A condenação é minha herança. Eu o fiz forçado". Viveu santamente e no momento de sua morte expirou nos braços de São Paulo da Cruz, fundador dos Padres Passionistas, a quem recorrera nos momentos difíceis. Os seus mais acirrados adversários nunca encontraram nenhuma objeção em sua vida privada.

Os Jesuítas ficaram supressos durante décadas. Em 1814, o Papa Pio VII restaurou a Companhia de Jesus que havia de voltar a ser o esteio do Papado nos temos modernos.